После событий первой части игры, в 2002-2003 годах, на агента 47 обратила внимание русская мафия. В это время в Сицилии, агент 47 отошел от работы киллера и устроился под защитой и покровительством отца Падре Витторио в монастыре, выполняя работу по саду и ремонту. Ежедневно отчитываясь в совершенных грехах, он пытается за молить множество убийств и пролитой крови людей, которые стали его мишенью за деньги ранее. В один из дней, мафия посылает людей в монастырь, вышедший на встречу Витторио стал жертвой похищения, а агент 47 находит у стен монастыря послание в коробке, которое предлагает заплатить 500.000 долларов, не позднее послезавтра, иначе Падре будет убит. Послание исходило от Джузеппе Джулиано из Палермо. Главный герой не может позволить заплатить эту сумму, поэтому он отправляется в сарай, чтобы возродить прошлое, связываясь с Агенством, и снова слышит голос своего информатора Дианы, которая требует в качестве оплаты за сведения выполнить несколько заданий. Но сколько потребуется времени игроку чтобы пройти на 100% эту часть, если не воспользоваться этим сохранением.

Полный список особенностей сохранения:
— Открыто все оружие, игра проходилась без использования чит-программ