Сперва Дезмонда Майлса похитили тамплиеры, поместив его в машину Анимус, которая сканировала его память на воспоминание предков, зашифрованных в его ДНК. Сначала он пережил воспоминания ассасина Альтаир, во время крестовых походов. Когда они нашли нужное воспоминание, они решили что Майлс больше не нужен им, но их намерения опередила Люси Стиллман, освободив Дезмонда до его гибели. На одной стороне тамплиеры, они же Абстерго Индастриз, их цель контроль над политикой, наукой, экономикой, они не остановятся пока все из людей не будут им служить. На другой ассасины, люди которые посвятили себя для защиты интересов индивидуумов. 40-летний Эцио Аудиторе да Фиренце отомстил убийцам его семьи покидает вместе с дядей Марио Аудиторе покидают Рим. Остановившись в Монтериджони, Эцио решил оставить вражду и кровную месть. Но его счастье длилось не долго, на виллу напал Чезаре Борджиа и убил дядю Марио. Убежав из виллы Эцио решает отомстить Чезаре, но полученная огнестрельная рана сваливает его из седла лошади.

Полный список особенностей сохранения:
Если вам нужны все Ачивки (Достижения), все костюмы, весь доп. коннект, DLC, то скопируйте файл OPTION из папки OPTION в Saves.
— Общая синхронизация 100%
— Рим восстановлен 100%
— Пройден весь основной сюжет
— Пройдено «Исчезновение Да Винчи»
— Пройдены все боевые машины Леонардо, открыт парашют
— Пройдены все Логова Ромула и Убежища Тамплиеров
— Убиты все агенты Тамплиеров
— Пройдены все воспоминания Кристины
— Пройдены все второстепенные миссии (Убийства, задания куртизанок, задания воров)
— Сожжены все башни Борджия
— Синхронизированы все точки обзора
— Собраны все перья
— Открыты все сокровища
— Собраны все флаги Борджия
— Открыты всё оружие, яды, броня, сумки доступные в игре
— Куплены все картины
— Выполнены все задания всех гильдий
— Выполнены все задания торговцев
— Пройдена истина
— Все ассассины-рекруты прокачены до уровня «АССАССИН»
— Открыты все костюмы для одиночной игры и персонажи для мультиплеера (Обычный плащ, плащ Аудиторе, плащ Борджия, костюм «Флорентийский дворянин», доспехи Альтаира, одежда Альтаира, доспехи Гельмшмида, скин Дезмонда, скин Райдена, персонажи Офицер и Арлекин)
— Пройдено всё виртуальное обучение на золото.